蛋白质组学

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small RNA测序

small RNA测序

  • 所属分类:NGS技术服务
  • 浏览次数:
  • 发布日期:2021-08-10 15:53:04
  • 产品概述
  • 案例解析
small RNA作为各类生物生命活动中重要的调控因子,其作用与功能被研究的较为透彻。small RNA们可参与基因的表达调控,转录后调控,RNA的加工与剪切,疾病发生发展及个体发育调控等重要的生物学过程。


技术原理
small RNA测序指对真核生物细胞内产生的,长度在18-30nt的RNA短序列进行的测序。small RNA具体可以分为微小RNA(miRNA),小干扰RNA(siRNA),以及PIWI蛋白结合的小RNA(piRNA)。这些不同类型的小RNA参与细胞生长、分化、个体发育、生殖等众多生物学过程,因此对小RNA的测序可以定性、定量研究小RNA参与生物学过程的分子机制。

蛋白质组学




技术路线
small1.png
注 测序策略:SE50;建议数据量:一般测序10M reads,深度测序20M reads 


样本要求
总量 ≥ 2 μg,浓度 ≥ 50 ng/μL
OD260/280 ≥ 2.0
RIN值:≧7.5(植物、真菌),≧8(动物)
28S/18S≧1 (植物参考25S/18S ;原核参考23S/16S )特殊样品只有18S可不参考 


分析流程


部分生信图例

每个样本sRNA 所占比例的饼状图

sRNA 长度分布

成熟 miRNA 碱基分布

样本两两间 miRNA 的表达相关性

服务后期

样本质检合格后30个工作日


相关文献
[1]Wu Jianguo,Yang Rongxin,Yang Zhirui,et ROS accumulation and antiviral defence control by microRNA528 in rice.[J]. Nature plants,2017,3.
[2]Smit Kyra N,Chang Jiang,Derks Kasper,et. Aberrant MicroRNA Expression and Its Implications for Uveal Melanoma Metastasis.[J]. Cancers,2019,11(6).
[3]Li Xiaodun,Kleeman Sam,Coburn Sally B,et. Selection and Application of Tissue microRNAs for Nonendoscopic Diagnosis of Barrett's Esophagus.[J]. Gastroenterology,2018,155(3).
[4]Radtke A,Dieckmann K-P,Grobelny et. Expression of miRNA-371a-3p in seminal plasma and ejaculate is associated with sperm concentration.[J]. Andrology,2019,7(4).


步骤虽繁 必不敢省人工

试剂虽贵 必不敢减物力

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