蛋白质组学

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蛋白质组学,糖基化蛋白质组学,多组学联合分析
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北京蛋白质组学——修饰类产品相关问题→蛋白产品相关问题(八)

2022-08-04 10:25:10

蛋白质组学(英语:proteomics,又译作蛋白质体学),是以蛋白质组为研究对象,研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。这个概念早是在1994年,由Marc Wikins首先提出的新名词。

上次分享了蛋白产品相关问题(七),本周二将分享蛋白产品相关问题(八)~

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1. 修饰组学都是分三个馏份吗?比如乙酰化和泛素化?

答案:是的

2. 如何判断某个氨基酸发生了磷酸化?

答案:判断修饰位点的工作都是由软件搜库时一次性完成的,搜结果中会给出修饰位点。

原理一般如下,质谱打到肽段,判断某个地方是否发生磷酸化修饰,就是看某个肽段是否多了80Da的分子量,一般发生磷酸化是STY三个点,如果一个肽段例如VAMEKKTK,整个肽段就是多了80Da,不同碎片离子的分子量变化也能与这个位点相对应,所以就会判定磷酸化修饰就发生在了T这个位点上,因此判定这个位点发生了磷酸化修饰。

3. 磷酸化修饰的介绍、发生的位点、研究哪些方向会用到磷酸化?修饰蛋白组学分析中磷酸化修饰蛋白的富集方法有哪些,我公司用的是什么富集方法?

答案:磷酸化是一种常见的可逆的翻译后修饰,在细胞信号传导等众多的生物过程中发挥调节作用,修饰常常发生在S、T、Y位点上;

研究信号转导、细胞周期、生长发育以及癌症机理等方向会用到;

富集方法:TiO2富集,固相金属亲和色谱IMAC富集, pY-1000基序抗体富集

我们公司采用具有顺磁特性的多孔琼脂糖 TiO2 磁珠作为工具,对模型样品和复杂样品中的磷酸肽进行富集。

4. 修饰蛋白组学分析中泛素化修饰:修饰的介绍、发生的位点、用到这种修饰的研究哪些方向及修饰肽段富集方法是什么?

答案:泛素化是指泛素(一类低分子量的蛋白质)分子在一系列特殊的酶作用下,将细胞内的蛋白质分类,从中选出靶蛋白分子,并对靶蛋白进行特异性修饰的过程。发生位点:K。

泛素化参与了细胞周期、增殖、凋亡、分化、转移、基因表达、转录调节、信号传递、损伤修复、炎症免疫等几乎一切生命活动的调控,与肿瘤、心血管等疾病的发病密切相关。

二甘氨酰赖氨酸抗体富集:能够特异性识别Gly-Gly- ε-Lys结构域的抗体,用于富集泛素化信号肽,广泛用于泛素化修饰组学分析。

5. 修饰蛋白组学分析中乙酰化修饰:修饰的介绍、发生的位点、用到这种修饰的研究哪些方向及修饰肽段富集方法是什么?

答案:蛋白质酰基化是一种特殊的蛋白翻译后修饰,其修饰基团的供体由体内代谢途径的中间产物,如乙酰化修饰的乙酰基是乙酰辅酶A 提供。



北京蛋白质组学



修饰发生位点:K。

样品经Trypsin酶切,本公司采用商品化试剂盒乙酰化特异性抗体进行乙酰化肽段的富集。

6. 修饰蛋白组学分析中甲基化修饰:修饰的介绍、发生的位点、甲基化修饰的影响及修饰肽段富集方法是?

答案:蛋白质甲基化修饰(Methylation)是表观遗传学的重要研究内容之一。甲基化多发生在转录因子和核蛋白质上,也有少量胞质蛋白会发生。

修饰发生位点:K/R。精氨酸甲基化参与转录调控,介导DNA损伤修复。赖氨酸甲基化可调控组蛋白功能,参与基因转录的表观调控。

利用CST公司针对不同甲基化位点和修饰形式的基序抗体对甲基化肽段富集后,再用LC-MS/MS分析,实现大规模甲基化蛋白质定

7. 修饰蛋白组学分析中糖基化修饰:修饰的介绍、发生的位点及修饰肽段富集方法是?

答案:糖基化修饰主要发生在内质网和高尔基体。主要过程是将糖基在糖基转移酶作用下将糖链转移至蛋白质,和蛋白质上的氨基酸残基形成糖苷键。

修饰位点:O-糖基化修饰位点:S、T、K;N-糖基化修饰位点:N。

富集方法:利用HILIC富集。



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