蛋白质组学

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蛋白质组学,糖基化蛋白质组学,多组学联合分析
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北京蛋白质组学——鉴定产品相关问题→蛋白产品相关问题(七)

2022-07-14 10:24:36

蛋白质组学(英语:proteomics,又译作蛋白质体学),是以蛋白质组为研究对象,研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。这个概念早是在1994年,由Marc Wikins首先提出的新名词。

上次分享了蛋白产品相关问题(六),本周二将分享蛋白产品相关问题(七)~

现在北京蛋白质组学将带您进入今日主题

1. 纯化的蛋白,做胶条磷酸化鉴定,为什么鉴定到那么多杂蛋白?

答案:质谱的灵敏度非常高,实验环境中会有无法避免蛋白的污染,当样本中目标蛋白含量较低时杂质蛋白就凸显出来,通常为角蛋白污染,一般建议删掉杂质蛋白即可。

2. 胶条鉴定,可以送多个胶条,放在一起算一个样吗?

答案:可以,若蛋白含量太低可以送多个胶条,但是胶条太大会增加实验成本,需要额外收费。

3. 定性项目合并搜库和分开搜库的区别

答案:合并搜库: 是指客户的样本上机结束后,所有样本的下机数据数据进行合并搜库,搜库完成后,所有的样本数据会展示在同一张表里,出一份结题报告;

优点:数据合并搜库,搜库的定量数据均一性好,系统误差小,便于客户将不同样本进行比较分析其的表达量情况;

缺点:所有的样本数据会展示在同一张表里(鉴定结果及功能注释结果都放在一起展示),不便于客户单独查看每个样本的蛋白情况,比如覆盖度或者unique 肽段情况(即数据不好拆);

分开搜库:是指客户的样本上机结束后,所有样本的下机数据数据单独搜库,搜库结束后,且会单独出结题报告。不同的样本的数据会放在不同的表中进行结果展示;



北京蛋白质组学



优点:每个样本都有自己单独的鉴定的结果文件,便于客户单独查看每个样本的蛋白情况;

缺点:无法对不同的样本进行比较分析,因为分开搜库的样本数据之间无法对不同样本进行均一化处理,无法放在一起分析;

建议:10 个样本以下分开搜库;10 个样本以上的样本合并搜库,合并分析(节省生产成本)

4. 怎么将IP富集的蛋白抗体复合体分开?

答案:

(1)pH值2-3的甘氨酸buffer洗脱,非氧化还原反应;

(2)加入loading buffer煮沸;

(3)小肽竞争结合,一般适用于标签蛋白的IP富集。

5. 胶条类蛋白对照组样本中鉴定到了处理组中特有的蛋白?

答案:对照组和处理组实验设计是否有问题,基因敲除是否干净,是否有补偿调控等等;样本跑胶时出现了不同程度的污染,泳道之间也会有残留,此类污染到的蛋白定量值应该偏低

6. 一个 SDS-PAGE 的定性项目,释放结果文件后客户的一个问题有待解决:在切割的蛋白条带位置是固定的,为什么测出来的蛋白质量(MW)有着很大的跨度?

答案:

1.样本制备中的问题:跑胶本身会有蛋白轻微的交叉污染,蛋白条带的扩散等;质谱检测灵敏度很高,对于出现上述交叉污染的蛋白,即使含量较低,也会被检测到;

2.测到的肽段匹配到蛋白上。由于不同的蛋白会出现部分序列相似的情况,那么该肽段同时也存在并可能匹配到其他蛋白上,所以就会有非客户目标分子量的蛋白。

建议:由于客户切割的蛋白为某一分子量范围,所以该分子量范围内的蛋白含量是相对比较高的。可以通过先对蛋白相对定量值进行排序(由大到小),然后再按照此排序,找客户需要分子量范围的蛋白。


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