蛋白质组学

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蛋白质组学,糖基化蛋白质组学,多组学联合分析
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北京多组学联合分析——蛋白质组学FAQ→蛋白产品相关问题(五)

2022-06-30 10:32:00

蛋白质组学(英语:proteomics,又译作蛋白质体学),是以蛋白质组为研究对象,研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。这个概念早是在1994年,由Marc Wikins首先提出的新名词。

上次分享了蛋白产品相关问题(四),本周二北京多组学联合分析机构将分享蛋白产品相关问题(五)~

现在将带您进入今日主题

21. 为什么DIA的实验路线中,需要先library构建?

答案:DIA的全扫描方式获得的数据过于复杂,其每张二级谱图中混合了来自于多个一等级信号的信息,通常难以直接进行理论库匹配。一般需要先构建图谱library,然后利用该library对DIA数据进行高的效率、准确地解析。目前spectronaut 14版本支持DIA数据直接搜库,检出数据相对较少,好的实验策略仍然推荐建立DDA数据库后再进行DIA分析。



北京多组学联合分析



22. 为什么DIA定量分析能力接近PRM、MRM等靶向技术?

答案:DIA定量原理与靶向技术相似,都是采用二级碎片离子进行定量。

23. DIA还需要后续验证吗?

答案:虽然DIA定量能力杰出,但毕竟是非靶技术,结果还需要进行靶向验证。但DIA的高准确性,能够使后续靶向验证的衔接性、一致性更高。从某种程度上来说,DIA实现了筛选与初步验证的合二为一。

24. 全息扫描DIA是什么?(原理)

答案:DIA技术是相较于传统DDA技术而言的,传统的DDA技术依赖于一等级母离子的峰强度,选择信号排名在前几位的另外,DIA技术将质谱整个全扫描范围分为若干个窗口,对每个窗口中的所有离子进行选择、碎裂、检测,从而无遗漏、无差异地获得样本中所有离子的全部碎片信息。

25. DIA适用于什么类型的实验设计?

答案:DIA是全息扫描模式,能多方面记录样本信息,定量准确性大大提高,重复性好,缺失值少,样本采集时加入了保留时间校正同位素肽段,适合大样本量,上机时间间隔可以较大,数据可回溯。

可用于不同因素影响下的差异蛋白筛选,不同组织蛋白表达谱绘制,疾病分型等等。


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