蛋白质组学

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蛋白质组学,糖基化蛋白质组学,多组学联合分析
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北京蛋白质组学——数据前处理-归一化

2022-06-23 10:33:13

大家好!我是BioLadder生物信息在线可视化云平台的工程师小宇,今天北京蛋白质组学来给大家分享怎样用BioLadder进行数据前处理-归一化!

如果您反馈问题,报告Bug,提出新的需求,请直接在公众号内发留言给我哦!为感谢您对BioLadder的认可我们还有星爸爸同款收纳包相赠哦!小宇先谢谢大家喽!

1.什么是归一化?

由于上样量等的差异,每组样本的定量结果可能不能直接比较,需要进行归一化处理。尽可能减弱系统偏差对样本蛋白定量值的影响,使各个样本和平行实验的数据处于相同的水平,让下游分析更为准确可靠。

本工具支持四种方式的归一化,如下:

中值归一化:即每列数据除以该列数据的中位数。中位数不受该列的大值或小值影响。

共有蛋白中值归一化:即每列数据除以共有蛋白的中位数。

线性函数归一化:是对原始数据的线性变换,使结果值映射到[0-1]之间,保留源数据存在的关系,消除取值范围简单的方法,不过,受个别离群值影响,如果数据集中某个数值很大,其他各值归一化后会接近0。

Z Score 归一化:经过处理的数据符合标准正态分布,即均值为0,标准差为1。

2.操作前的数据准备

 demo数据可以在

https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/demoData/normalize/demo.txt下载。

 包含2个维度的数据,包含行名和列名,通常每一列是个样本,每一行是个蛋白



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3. BioLadder生信云平台在线对数据进行归一化

不想写代码?可以用BioLadder生信云平台在线对数据进行归一化。

网址:https://www.bioladder.cn/web/#/chart/48



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3.1 上传文件

点击“选择”按钮上传自己的文件。点击下载示例,可以下载demo数据;



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3.2 调整参数

• 选择归一化的方式:选择一种自己需要的归一化方式



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3.3 提交查看

上传完数据,并调好参数后,点击右上方“提交”按钮,归一化后的数据会出现在左侧。如果没有上传自己的数据,会使用默认的demo数据计算。并在左下方绘制归一化前后的箱线图用于比较。




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3.4 下载

点击右下角的下载按钮,将归一化后的数据下载到本地。



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4.BioLadder生物信息在线分析可视化云平台

网址:https://www.bioladder.cn/

BioLadder目前上线了生物学分析常用的50多个模块,主要包括以下四类:

数据可视化:箱线图,南丁格尔玫瑰图,韦恩图,UpSet图,饼图,词云图,小提琴图,饼图/甜甜圈图,弦图,柱形图等

组学数据分析:序列的多重比对,表达数据的CV曲线图,饼图/甜甜圈图,T-SNE,热图,趋势分析的mFuzz,差异分析的火山图,富集分析的气泡图,修饰位点上下游模体分析的seqLogo,Motif热图等

功能分析:GO弦图,相互作用网络图,富集分析

数据预处理:归一化,补值,FDR校正,长宽表互换等

好了归一化的分享就到这里了,后续大家想要了解什么内容可以给我们评论反馈,我们会根据大家的意见持续更新。我们欢迎您以任何方式提出您的优化意见,使BioLadder平台成为广大科研工作者的生物信息分析平台!


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