蛋白质组学

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北京多组学联合分析——蛋白质组学FAQ→蛋白产品相关问题(三)

2022-04-28 09:05:23

蛋白质组学(英语:proteomics,又译作蛋白质体学),是以蛋白质组为研究对象,研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。这个概念早是在1994年,由Marc Wikins首先提出的新名词。

上周二分享了蛋白产品相关问题(二),本周二将分享蛋白产品相关问题(三)~

现在北京多组学联合分析机构将带您进入今日主题

11. mix 样本的设置目的及设置方法

答案:设置内参通道是为了保证校正不同 run 之间信号和仪器状态差异,减小系统误差,从而使得不同run的样本能够一起进行数据分析。mix 样本是用所有需要一起进行数据分析的样本混合物。

12. iTRAQ/TMT为何不能用于差异较大的物种或样本?

答案:这主要是由于iTRAQ/TMT的技术特点所决定的。标记定量的数据分析都是基于共有蛋白进行的,蛋白会被过滤掉,无法进行后面数据分析,因此不能用于差异较大的物种或样本。



北京多组学联合分析



13. 同一批上机的 iTRAQ/TMT 样本,为何不能选取其中部分样本单独来分析?

答案:iTRAQ/TMT 是混样上机的,数据质控是以 run(即开始分的馏分)为单位分析。获得的总蛋白是所有上机样本的共有蛋白。所以没有办法再单独分析。

14. 标记类产品为何差异倍数会偏小?

答案:因为标记类产品(iTRAQ、TMT)本身试剂特点,样本实际的差异倍数会有压缩现象。因此差异倍数一般在 1.2,就可以说明有差异足够明显,而对于非标记类的产品如 label free 、DIA,一般差异倍数要达到 1.5 才能说明问题。

15. 通过 iTRAQ/TMT 实验,是否可以寻找不同样本之间的有无差异蛋白或蛋白

答案:不可以,有如下几个原因:

iTRAQ 实验结果使用的是Proteome Discoverer 软件搜库,该软件的算法分析对于很大和很小值均会赋值;

A.对于蛋白的定量,软件采用的是肽段水平合并检测,很难排除其他相似离子干扰;

B.少量无定量值的蛋白可能是没有检测到肽段,或者是报告离子峰太低,并不能说明没有该蛋白。

本周的FAQ就到此结束啦~


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