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蛋白质组学,糖基化蛋白质组学,多组学联合分析
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北京多组学联合分析——不会编程也可以轻松画出富集气泡图!

2021-12-31 00:00:00

大家好!我是BioLadder生物信息在线可视化云平台的工程师小宇,今天我来给大家分享怎样用BioLadder画出常用的富集气泡图!希望大家多多关注,更希望可以听到您的反馈!小宇先谢谢大家喽!

如果您反馈问题,报告Bug,提出新的需求,为感谢您对BioLadder的认可我们还有星爸爸同款收纳包相赠哦!小宇在这里先谢谢大家喽!



北京多组学联合分析



mini收纳包

1.北京多组学联合分析带你了解什么是富集气泡图

气泡图是一种多变量图表,是散点图的变体。气泡图基本的用法是使用四个值来确定每个数据序列,和散点图一样,气泡图将两个维度的数据值分别映射到坐标轴上,其中 X 轴和 Y 轴分别代表不同的两个维度的数据,但是不同于散点图的是,每个气泡的面积代表第三个维度的数据,每个气泡的颜色代表第四个维度的数据。气泡图通过气泡的位置,面积大小和颜色等,可分析数据之间的相关性。

需要注意的是,圆圈状气泡的大小是映射到面积而不是半径或者直径绘制的。因为如果是基于半径或者直径,那么圆的大小不仅会呈指数级变化,而且还会导致视觉误差。




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本文我们就来讨论一下富集气泡图是如何绘制的以及如何对其进行解读。

2.绘图前的数据准备

demo数据可以在

https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/demoData/bubble/data.txt下载。

数据来源一般是富集结果。包含四列数据,Term是条目的名称,Size是指定点的大小(一般是富集到该条目的蛋白个数),Ratio是富集到该条目的蛋白个数/该条目的蛋白总个数,Enrichment是-log10(pvalue)用来指定气泡的颜色




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3. BioLadder生信云平台在线绘制富集气泡图

不想写代码?可以用BioLadder生信云平台在线绘制富集气泡图。

网址:https://www.bioladder.cn/web/#/chart/2



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3.1 上传文件

点击“选择”按钮上传自己的文件,之后帮助程序选择对应的列

备注:左下方的数据展现区可以查看自己的上传的数据;

支持txt,csv,xlsx,xls四种格式;



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3.2 调整参数

根据需求调整参数即可

选择前几行绘图:一般绘图不用把富集结果都绘制出来,一般绘制前几个富集度高的条目

气泡大小:设置气泡大小的大小值

x轴名称:调整x轴名称

y轴名称:调整y轴名称

标题名称:调整标题名称

气泡图例名称:调整关于气泡大小图例的名称

颜色图例名称:调整颜色图例的名称




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3.3 提交查看

上传完数据,并调好参数后,点击右上方“提交”按钮,图像会出现在左侧。如果没有上传自己的数据,会使用默认的demo数据绘图。


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3.4 下载

首先,挑选自己想要的格式有png,jpg和pdf供选择,接着调整图片的宽,高和分辨率(注:这里的宽高比会反馈到左上的绘图区),点击“Download”下载按钮。



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4.富集气泡图结果解读

使用气泡图可以研究单个图上四个变量之间的关系。与散点图一样,气泡图也绘制 Y 变量与 X 变量。但是,气泡图上的符号(又称为气泡)大小和颜色也可以分别表示一种信息。

这张示例图中,Y轴为term名称,X为ratio大小,气泡颜色表示富集度,气泡大小也表示富集到该条目的蛋白个数。



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5.BioLadder云平台

网址:https://www.bioladder.cn/

BioLadder目前上线了生物学分析常用的50多个模块,主要包括以下四类:

数据可视化:箱线图,南丁格尔玫瑰图,韦恩图,UpSet图,饼图,词云图,小提琴图,相关性矩阵,弦图,柱形图等

组学数据分析:序列的多重比对,表达数据的CV曲线图,相关性矩阵,T-SNE,热图,相关性矩阵等,趋势分析的mFuzz,差异分析的火山图,富集分析的气泡图,修饰位点上下游模体分析的seqLogo,Motif热图等

功能分析:GO弦图,相互作用网络图,富集分析

数据预处理:归一化,补值,FDR校正,长宽表互换等

好了富集气泡图的绘制就到这里了,后续大家想要了解什么内容可以给我们评论反馈,我们会根据大家的意见持续更新。我们欢迎您以任何方式提出您的优化意见,使BioLadder平台成为广大科研工作者的生物信息分析平台!

青莲百奥可提供一站式蛋白质组学代谢组学转录组学、多组学联合分析等科研服务。青莲百奥在整体实验设计方面经验丰富,界内很全的Bioactive Database、NeuroPedia Database,专业分析软件Peaks,海归坐镇生信分析团队,助您在科研道路上乘风破浪,冲击高水平文章。

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