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[青莲干货] 不编程怎么做生信分析(云平台篇)

2021-08-24 00:00:00

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前面两篇推文小编给大家介绍了不会编程的研究人员也可以通过Excel、文本编辑器和dos脚本命令进行数据处理,完成部分生





Excel、文本编辑器和脚本命令等只能完成基础的生信数据处理,对于更高级的生信分析(如生信特异的火山图、富集分析的气泡图、趋势分析等)就无能为力了。这些分析目前一般采用R语言实现。

虽然现在不少生物学研究人员也逐渐开始学习使用R语言编写简单的程序进行数据分析,但在利用R语言进行数据分析的时候,也因为数据格式等问题需要花费不少时间进行前期数据处理等。

因此,为了加速生物学科研人员进行数据分析和可视化,我们推出了BioLadder云平台,使得不会编程或不想编程的研究人员能利用生物学的常用数据格式,必要时进行简单的编辑,就能直接进行相关的数据分析。





BioLadder涵盖30+模块



BioLadder目前上线了生物学分析最常用的30多个模块,主要包括以下四类:
  • 数据可视化:箱线图,南丁格尔玫瑰图,韦恩图,UpSet图,饼图,词云图,核密度图,小提琴图,弦图等
  • 组学数据分析:序列的多重比对,表达数据的CV曲线图,PCAT-SNE,热图,相关性热图等,趋势分析的mFuzz,差异分析的火山图,富集分析的气泡图,修饰位点上下游模体分析的seqLogoMotif热图等
  • 功能分析:GOPlot,相互作用网络图
  • 数据预处理:长宽表互换等




BioLadder的使用方法



好了,介绍了那么多,那BioLadder到底该怎么用呢?
BioLadder主页进去后,点击一键作图即可跳转到各个分析模块的页面,点击想进行的分析模块,每个模块的基本操作都只需要轻松三步就能搞定整个分析过程:
1,上传数据
2,调整参数
3,提交查看
详细的说明,可以移步到BioLadder的使用教程界面(https://www.bioladder.cn/web/#/pro/help),那里你可以找到更加详细的帮助文档。

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BioLadder特色展示



BioLadder除了功能上提供了目前生物数据分析常用的模块外,各个模块在设计的时候也兼顾以下特色:




01

轻松设置个性化颜色


1.配色方案

部分模块,我们预设了像Lancet,JAMA,Nature等期刊常用的颜色方案供您选择。帮助您画出绚丽多彩的图形。


2.调色板调色:

  可弹出调色板,自由方便进行颜色调整。颜色高度自定义。

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02

人性化帮助


常用参数旁边增加问号悬浮窗。在不理解参数含义和操作方法时,直接把鼠标悬浮到问号上就可以弹出帮助,不需要再翻阅冗长的说明书了。此外还在上传控件旁边提供了下载示例,当您不清楚上传文件的格式时,可以一键下载demo数据查看。

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03

支持常用的生物学数据直接绘图


R语言有些模块需要特定的输入格式,我们提供的长宽表互换即是为了满足R语言的需求进行的一些转换。为了生物学研究人员的方便,我们在多个模块内部设置了自动的格式转换,以方便研究人员直接上传手上的数据即可进行分析。

我们以韦恩图为例,常规的画韦恩图,需要输入每组的蛋白名称才能绘图。如果我们想对一个定量表进行分析,将定量值为0的认为没有鉴定到,我们需要逐列筛选,贴到网站上画图,费时费力。为此我们的韦恩图模块除了常规的数据输入外,还支持直接上传生物学数据最常见的定量矩阵表的格式,减去了格式转换的繁琐。上传定量表后,程序会自动的将其转换为韦恩图的格式,且转换完的数据支持下载



04

下载参数可调,随意获取需要的大小、分辨率和格式


分析模块中的主要参数便捷可调,点击提交后即可得到绘图结果。绘图结果可以用右键另存,也可以在图片存盘参数中设置不同的格式和参数下载需要的图片。









我们的初衷是搭建一个专业的生物信息在线分析和可视化平台,为广大的科研工作者提供方便、快捷的数据处理、功能分析和可视化作图服务。目前上线的模块能完成生物学研究中最常见的分析,对各模块的精心设计使得研究人员能最方便使用各模块快速完成数据分析和绘图。
BioLadder是由北京青莲百奥生物科技有限公司和国家蛋白质科学中心·北京联合出品。已于8月2日公测上线,免费注册,注册后免费使用所有功能。我们欢迎您以任何方式提出您的优化意见,使BioLadder平台成为广大科研工作者的生物信息分析平台!
此外,如果您热衷于生物信息分析或数据可视化,我们欢迎您成为BioLadder的开发者之一,您可以通过关注公众号与平台开发者沟通,共同开发出更多好用且好看的可视化工具!BioLadder与您共同成长,陪伴长久,不可或缺


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