蛋白质组学

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蛋白质组学,糖基化蛋白质组学,多组学联合分析
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「青莲百奥」秘笈在手,酶解无忧,你想要的全都有!

2019-08-20 00:00:00

mmexport1607317720583.jpg在质谱鉴定中,最关键的就是对样品的前处理,它的目的在于减少人为降解和修饰,释放尽可能多的肽段。由于质谱鉴定蛋白的方式都是针对肽段的鉴定,因此,酶切蛋白这一步很关键。在样本合格情况下,酶切覆盖度越广,能鉴定的肽段就越多,匹配的蛋白就越多越准确!接下来,随小编一起浏览“秘笈”吧~~~

糖基化蛋白质组学

【秘笈简介】

蛋白酶本质都是蛋白质,亦是由20多种氨基酸组成的蛋白质分子,它们能催化蛋白质和多肽分子内的酰胺键(肽键)的水解。蛋白酶往往都有自己特异的作用位点,能够将蛋白特异性酶切成若干肽段,因此,在蛋白组学研究中,蛋白酶的选择也显得极为重要。经酶切后,由7-35个氨基酸组成的多肽,较适用于LC/MS/MS。

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【秘笈核心 】

“秘笈”的核心小编为大家整理了质谱中常见的不同蛋白酶的类型和蛋白酶相对应的作用位点一览表,供大家查阅:

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【秘笈修成】

利用序列特异性蛋白酶,可将蛋白质切割成更小的片段或多肽,将两种蛋白酶的片段化方法进行结合可以提高序列的覆盖率。例如,混合使用胰蛋白酶与Lys-C/Glu-C等,要比单独使用胰蛋白酶提高序列的覆盖率10 %左右,组合使用可以提高质谱分析时碎片离子的完整性,而且使得子离子系列具有一定的方向性,便于识别和读取,从而更有效判定鉴定序列的准确性。
蛋白酶的酶切位点大都是有一定特异性的,据此,可以选择相应的蛋白酶进行酶切。如果待测蛋白序列是已知的,可以利用在线分析网站
(https://web.expasy.org/peptide_cutter/或者proteinprospector)。

打开
https://web.expasy.org/peptide_cutter/,输入上传你要酶切的蛋白序列和所用到的酶就可以模拟切出相应的肽段啦!

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proteinprospector网站,可在主页点击“MS-Seq”,设置样本信息、蛋白酶类型和一些质谱参数即可得出结果,详细使用内容可点击主页“Instructions”,里边包括所有功能的使用介绍!O(∩_∩)O~

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这期的蛋白组学——酶切“秘笈”已总结分享给大家,希望对各位小伙伴有一定的帮助和启发,喜欢这篇文章的小伙伴欢迎转发,分享给身边的朋友,有任何蛋白组学问题记得联系我们哟,青莲百奥将持续为大家分享和提供前沿动态和技术服务!

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